Der Grundstein für die neugotische St.-Petri-Kirche am heutigen Großenhainer Platz wurde am 15. Mai 1889 gelegt, nachdem die noch junge St.-Petri-Gemeinde einen entsprechenden Auftrag an den Leipziger Architekten Zeißig vergeben hatte.
Die Zahl der Sitzplätze war in der ursprünglichen Bauform mit 645 angegeben, die Baukosten beliefen sich damals auf die Summe von 224.438 Mark und 18 Pfennige.

Schon am 28. August 1890 wurde die Glockenweihe gefeiert, die große Glocke trug die Inschrift „Ehre sei Gott in der Höhe“, auf den beiden kleineren war zu lesen „Christus ist die Auferstehung und das Leben“ sowie „Es sei denn, dass jemand geboren werde aus Wasser und Geist, so kann er nicht in das Reich Gottes kommen.“ Die feierliche Weihe der St.-Petri-Kirche wurde schließlich am 5. November 1890 vollzogen.

Ab 1913 wurde die Kirche auf der Ostseite um den Altarraum erweitert, was den Abbruch der alten Sakristei und Anbau einer größeren Sakristei, eines Gemeinderaumes und eines gemeinsamen Einganges mit sich brachte sowie die Vermauerung des mittleren Altarfensters aufgrund des höheren Eingangsvorbaus.

Während der Bombenangriffe im Februar 1945 nahm die Kirche schweren Schaden: das Kirchendach wurde zerstört, die Gewölbe stürzten ein und es kam zu einem Brand im Kirchenschiff. Lediglich die Gemeinderäume und der 72 Meter hohe Turm blieben weitgehend verschont.

Nach ersten Trümmerbeseitigungen 1947 wurde die St.-Petri-Kirche von 1950 bis 1955 wieder aufgebaut – allerdings in einer vereinfachten Bauform, etwa bei der Dachkonstruktion und beim Ausbau der Gewölbe. Der Innenraum wurde durch Helmar Helas neu gestaltet – der Altarraum wurde mit einem einfachen Altarblock und einer Farbverglasung der Fenster ausgestattet. Es folgten die Erneuerung der Orgelempore, Einbau von Emporen im Querhaus, darunter Gemeinderäume mit Abtrennung zum Kirchenschiff. 1958 wurde eine neue Orgel der Firma Jehmlich, Dresden, eingebaut.

Zwischen 1993 bis 2005 erfolgten weitere Sanierungen und Instandsetzungen an Dachkonstruktion, Fassade, Kirchenfenstern sowie die Installation einer neuen Heizungsanlage und einer Küche in den Gemeinderäumen. Die geplante Grundsanierung des Kirchschiffes soll 2007 abgeschlossen werden.

Seit Juni 2023 ist der Treppenlift am Seiteneingang einsatzbereit. Damit kann unsere Kirche barrierefrei erreicht werden.